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	public final double getVecCos(NyARDoublePoint2d i_pos1,NyARDoublePoint2d i_pos2)
	{
		double d=getAbsVecCos(i_pos2.x-i_pos1.x,i_pos2.y-i_pos1.y);
		return d>=0?d:-d;
	}

で、絶対値を返している。絶対値を返す必要はない。

正しくは、

	public final double getVecCos(NyARDoublePoint2d i_pos1,NyARDoublePoint2d i_pos2)
	{
		return getVecCos(i_pos2.x-i_pos1.x,i_pos2.y-i_pos1.y);
	}