Develop and Download Open Source Software

これは分子動力学のセルを簡単に作成するため NanoEngineer 1, PACKMOL と MSI2LMP を統合するために作成されたソフトウェアの変更のコレクションです。NanoEngineer 1 は、Nanorex によって書かれたの分子の CAD ソフトウェアは、ユーザーは分子、原子力の複数のフィールドを使用して入力するユーザーのソフトウェアの変更を許可するを作成する簡単な方法を提供します。PACKMOL は、NanoEngineer 1 の初期の MD セルをこうして提供から分子テンプレートを用いた分子のランダムなコレクションを生成できます。PACKMOL への変更を MSI2LMP ソフトウェアを介して渡される原子型のデータを許可します。MSI2LMP ベース LAMMPS の入力ファイルを作成しますクラス ii 力フィールド。MSI2LMP NanoEngineer 1 で生成された数値符号化の力フィールドのデータの使用に変更されました。MMP ファイル形式は拡張し、すべての 3 つのソフトウェア アプリケーションに統合されました。

LAMMPSは並列計算機のために設計された古典的な分子動力学シミュレータです。これは様々な力場と境界条件を使用して、原子、高分子、生物、金属、中規模システムのモデルを作ることができます。また、簡単に変更したり拡張することができます。

Avogadroは、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学、およびそれらの関連分野で使用するための高度でクロスプラットフォームな分子エディタです。柔軟なレンダリングのフレームワークと強力なプラグインアーキテクチャを提供しています。

APBSは、広範囲な長さのスケールの分子溶質間の静電相互作用をを記述する連続体モデルのための、ポアソン・ボルツマン方程式の数値解法のソフトウェアパッケージです。http://apbs.sf.net/

刺身プロジェクトがホストしているトランスプロテオームパイプライン（TPPの）、大量の仕様（のMS、MS / MS）をベースプロテオミクスのためのツールの成熟スイート：我々のオープンmzXML形式に生のMSデータから統計的検証、定量化、可視化、コンバータ。

高分子(タンパク質)結晶のX線実験のためのWebベースの情報管理システムです。

Gabeditは、Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, Mopac2007, Orca, PC Gamess, そして Q-Chemといった計算化学パッケージのためのグラフィカルユーザーインターフェイスです。

Mac osx 版には、もう os9 をサポートしない Lepard にアップグレードします。このプロジェクトは DNA ストライダー飛竜を支援するビルドはユーザーがデータを取得し、いくつかの基本的な DNA を実行する機能を分析します。

ピティアは、熱力学的に基づいてPCRプライマー設計プログラムです。

SourceForgeのOpenRasMolプロジェクトは、RasMol (http://rasmol.org )の付属のプロジェクトです。

宇根アプリケーションのWEBル監視デクライアントのFolding @ホームアンシュール横向きデFAHMONを注ぐ。

機械可読形式へのタンパク質 - タンパク質相互作用データを記述してエンコードするために論理モデル。モデルは（UMLの）経路の建物の相互作用の前後interactiongタンパク質の状態に関する情報が含まれている必要があります。

DrugScreener G のグリッド コンピューティングの仮想スクリーニング統合環境です。グリッドを有効に大規模の仮想スクリーニングにユーザーフレンドリーとグリッド コンピューティングにアクセシビリティを強調し、コンクリートのソフトウェア スイートを実装しています。

QRasMolでRasMolの再実装したものですC + +の更新cmakeのシステムを構築してください。

Webアプリケーションは、クエリビルダの方法で、検索および表示の結晶データとそのプロパティを参照する

gMolは、分子構造や表面のような科学的データの3次元モデルを表示、操作するために使用される対話的可視化システムです。OpenGLと、柔軟なユーザーインターフェースのウェブブラウザウィジェットが含まれます。

研究分析や進化解析に使用するための比較データの表現のためのオントロジーの開発。詳細については、www.evolutionaryontology.org参照してください。

LSGは視覚的なデータ統合のために設計され、Microsoft .NET 2.0とCABに基づくWindowsアプリケーションフレームワークです。管理ユーティリティはLSGアプリケーション、モジュール、イベント、およびサービスを管理し、クライアントはモジュールの統合と機能フックを提供します。

4次元セルシミュレータは（4DiCeS）でのフレームワークですハイブリッド（確率確定）のモデリングと4Dで（全体）セル環境のシミュレーション。フレームワークは、4Dのグリッドレイアウト内の任意の反応と拡散アルゴリズム適用組み込むことができる。