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OIOは Webベースのメタデータ/データ管理のフロントエンドであり、Zopeを使ってビルドされ、PostgreSQLと共に動作します。Webフォームの構築と管理、収集データのデータマイニング/分析実行にはプログラミングの必要はありません。これは Harbor/UCLAメディカルセンターにおいて臨床試験結果の管理と研究データのために作成されているところです。OIOで作成され任意の OIOサーバ上でホストされるフォームは XMLファイルとしてダウンロードできます。"フォームライブラリ"からダウンロードされ OIOサーバにインポートされると必要なデータベーステーブルが自動的に再生成され、OIOサーバのユーザはインポートされたフォームをすぐに利用できるようになります。

PCPは（パターン分類プログラム）パターンである分類教師プログラムのために機械学習。これで実行すると、対話型、バッチモードと：実装、次の機械学習アルゴリズムの方法をk -判別式を線形意味クラスタリング、フィッシャーの、ディメンションの削減の分析値分解、主成分使用して特異、機能のサブセットの選択、ベイズ誤差推定、パラメトリック分類（リニアおよび二次）、擬似逆線形判別場合、k -最近傍法、ニューラルネットワーク、Support Vector Machineにアルゴリズム（SVM）をし、包装、モデル選択のためのSVMを用いた、クロスバリデーション（委員会）の分類。

BioperlのPerlモジュールのバイオインフォマティクス用に設定されます。このシーケンスのためのオブジェクトが含まれ、シーケンスの機能、および他の重要なバイオインフォマティクスの属性を示します。

爆発の類似性検索プログラムのすべての利用可能なシーケンス データベース クエリがタンパク質や DNA であるかどうかに関係なく探索するように設計のセットです。グローバル線形ではなく、ローカルのシーク、したがって共有のみ領域の類似性を分離したシーケンス間の関係を検出することはヒューリスティックなアルゴリズムを使用します。プライベートなローカル データベースに対する BLAST 検索を実行する使用ことができますローカルを完全実行可能ファイルとして実行できますや、NCBI データベースのコピーをダウンロードします。それは、Mac OS、Win32、LINUX、Solaris、IBM AIX、SGI、Compaq OSF と HP-UX のシステムで実行されます。

RTLabはRTfreshmeat_linux/ Linux]は/ RTAIベースのデータ集録および制御するアプリケーションです。これは、実験者は設計し、高い抽象化を使用して、ハードリアルタイム制御experiementsを実装するために設計されてもサービスRTAIまたはRTLinuxを提供。これは、2つの部分に分割されます。 1つは、C + +のクラス（Qtのために書かれた）を参照アプリケーションをDAQSystemアナログ入力電圧データを取得し、画面上に表示されるように設計と呼ばれる実装のユーザ空間のシリーズです。 rtlab.oとDAQSystem通信、RTLab 2番目の一部であるリアルタイムカーネルモジュール。 rtlab.oリアルタイムカーネル部分はカーネルモジュールは、RTLinuxはやRTAI読み込むとデータの目的集録およびリアルタイム制御のためのCOMEDIハードウェアを駆動するための責任です。モジュールが拡張され、'プラグインのアーキテクチャを備えていますので、精通したCプログラマ独自のカスタムテストロジックが簡単に活用、既存のフレームワークです科学者。実験ロジックが戻って、各rtlab.oスキャン呼び出されるカーネルモジュールを書くことで指定されてCOMEDIハードウェアから取得します。それは、ハードウェアから来ているように実験者は即座に、アナログ入力データのグラフィカルなプロットを見ることができるように加えて、データの可視化と貯蔵施設は、ユーザ空間に存在します。

DNALinux ライブの Linux ディストリビューションでプリロード バイオインフォマティクス ソフトウェアです。それは人を Primer3、ブラスト、エンボス、バイオインフォマティクスの他のソフトウェアをインストールするは難しい見つけるあるいはクラスやデモンストレーションの目的のテスト システムを持っているしたい人々 のためです。

PhpLabwareの機能FileMakerとAccessに似てデータベースシステムですが、完全にWebベースです。リレーショナルデータベースは、インターフェイスのWebを通じてすることができますが定義されて、コードのプラグイン拡張のPHP。ユーザとグループのアクセスは、レコードレベルで調整されます。それはによって書かれ、ライフサイエンス研究者のためのが、通常、SQLデータベースへのWebベースのフロントエンドとして便利です。

JOELib/JOELib2はSMARTSの下地の検索、記述子の計算をサポートして化学情報ライブラリ/フィルタリングパイプ処理であり、異なる化学ファイル形式の変換を行います。それは100％純粋なJava、書かれており、外部プログラム（Ghemicalなどへのインターフェイス）は入手可能です。

openModeller は、ツールと API のさまざまなアルゴリズムを使用してモデルの分布パターンを提供する C++ フレームワークです。ジオリファレンスの出現ポイントのセットと一連の環境レイヤーに基づく種の潜在的な分布の予測に使用できます。

PathVisioでは、生物学的経路図ですべての操作を行うことができますバイオインフォマティクスのツールです。 PathVisioでは、生物学的情報を整理することができますし、簡単にその情報を提示するか、公開することができます。あなたが作成し、経路を描画し、多くの画像フォーマットに書き出す、などEnsemblの、EntrezのかHMDBなどのオンライン生物学的なデータベースへのリンクとそれらに注釈を付ける、とPubMedからのコメントや、文献の参照を追加できます。 PathVisioまた、経路の文脈におけるハイスループットの実験データを並べ替えることができます。これは単なる大規模なテーブルよりデータを表示することがはるかに快適な方法です。あなたは、マイクロアレイ、プロテオミクスやメタボロミクスのデータをインポートすることができます。 PathVisioは、ユーザーが新しい分析の種類、新しい可視化手法、および新たな経路の形式にカスタマイズできるプラグインインターフェイスを持っています。 PathVisioはWikiPathwaysと互換性があります。

JHeatChartは1クラスで構成されるJava APIで、ヒートマップチャートを生成します。ヒートマップを作成する機能を含むAPIが非常に少ない状況であることからこのAPIを作成しました。機能を完全に網羅したAPIではなく、他のチャートを作成する用途では使用できません。生成したチャートはJava Imageオブジェクトとして作成され、GUIに組み込んだりファイルに保存したりできます。

AntFlow ビルド ホットフォルダーのパイプラインを使用してシステムの自動化を簡素化する新しいアプローチを提供する Apache Ant に連鎖一緒に特定のタスクを実行します。XML を使用して、データ転送、暗号化、またはローカル システム上のディレクトリで処理する XML などの自動化されたタスクに関連付けます。ファイルをコピーまたはホット フォルダーに書かれたときに、関連付けられているタスクが実行され、さらに処理するため、パイプライン内の次のホット フォルダーにファイルが移動されます。

Pythonの高分子ライブラリ（mmLib）は、ソフトウェアツールキットルーチンのライブラリには、分析と高分子の構造モデルの操作は、Pythonプログラミング言語で実装されます。これは、階層化、オブジェクト指向のアプリケーションプログラミングインターフェイスを介してアクセスされ、オーディオコーデックインタフェース、PDBの解析するための有用なソフトウェアコンポーネントの範囲を提供し、MTZファイルは、原子の要素とモノマー、オブジェクトライブラリの生体高分子を記述するデータ構造を指向とOpenGLの分子ビューアです。 mmLibデータモデルの詳細は高分子の結晶は、NMR、モデリングのための高レベルのアプリケーションプログラムを実行するために必要な様々なレベルに簡単にアクセスできるように設計され、可視化。これは、核酸タンパク質は、DNA、アミノ酸に特化したクラスが含まれます。

REMITT 電子医療情報の翻訳と伝送は、スタンドアロン電子医療課金ソリューションです。それは、任意の特定の電子医療記録 （EMR） や実践管理 (PM) システムの独立した作品し、その API を実装する任意の電子カルテまたは PM システムとインタ フェースすることができます。これを行う最初のシステムは、FreeMED です。

Tavernaは、純Javaオブジェクトモデル、モデルの事前準備のためのパーサー、（ ワークフローを対応アプリケーションにドロップするためのSwingコンポーネントを含む）ビューとコントローラのセットを備えたScufl（簡易概念統一フロー言語）と呼ばれる高級言語を含むワークフロー制定と記述コンポーネントのコレクションです。実際にワークフローを実行するため、myGridワークフロー制定エンジンも必要です。

Brook for GPUsは、現代的なグラフィックハードウェアに対応した Brook ストリーム処理用プログラミング言語のコンパイラとランタイムの実装です。このプロジェクトの目的は GPU上の一般的プログラミングをデモンストレートすることと、GPU上でアプリケーションを走らせたい開発者向けに役に立つツールを提供すること、ストリーム処理用言語のプログラミングモデル、ストリーミングアプリケーション、システム実装を研究することです。

mpiBLASTはBLASTの並列実装のNCBIのMPIのです。これは、MPIののコンピュータのクラスタ構成でジョブを並列BLASTの実行とバージョンペアblastallをformatdbと置換プログラムのインストールします。またBLASTを2つの主要な伝統的な対の利点を使用してmpiBLAST。まず、mpiBLASTは、クラスタ内のノード間で各データベースを分割します。 Oののセグメントのノードから各/バッファのデータベースですに存在する小さなそれはできますが、通常、私はキャッシュ、降伏ディスクの除去のために重要な高速化は、第二に、低効率が要求は、通信プロセッサ間の、低コストのBeowulfクラスタのための利点を可能にBLASTのユーザーが利用する。 mpiBLASTの状況線形スピードアップに他のスーパーを実現リニア高速化をもでているデータベースがどこの状況大し、近くのRAMに合わせ挿入します。これは、専用のクラスタを必要としません。

次世代シーケンシング形式のデータを BAM (http://samtools.sourceforge.net) の操作のツール (Java) のセット。

PHP, mySQL, PostgreSQLによる統合病院情報システムです。外科、看護、外来、病棟、研究室、薬局、セキュリティ、入院患者、スケジューラ、修理、通信、その他の機能をサポートします。多言語で、WYSIWYGフォーム、ユーザ毎設定、組み込みボット、モジュラー＆スケーラブルという機能、特徴があります。